IP類實(shí)驗(yàn)代測(cè)的介紹
免疫共沉淀(Co-IP 蛋白與蛋白)
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細(xì)胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。 當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時(shí)，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來(lái)。當(dāng)用預(yù)先固化在agarose beads上的蛋白質(zhì)A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)B也能一起沉淀下來(lái)。再通過蛋白變性分離，對(duì)B蛋白進(jìn)行檢測(cè)，進(jìn)而證明兩者間的相互作用。 這種方法得到的目的蛋白是在細(xì)胞內(nèi)與興趣蛋白天然結(jié)合的，符合體內(nèi)實(shí)際情況，得到的結(jié)果可信度高。這種方法常用于測(cè)定兩種目標(biāo)蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。
CHIP實(shí)驗(yàn)（DNA-蛋白相互作用）
染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是：在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起，通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識(shí)別反應(yīng)，將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來(lái)。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細(xì)胞固定，染色質(zhì)斷裂，染色質(zhì)免疫沉淀，交聯(lián)反應(yīng)的逆轉(zhuǎn)，DNA的純化，以及DNA的鑒定。因?yàn)镃hIP實(shí)驗(yàn)涉及的步驟多，結(jié)果的重復(fù)性較低，所以對(duì)ChIP實(shí)驗(yàn)過程的每一步都應(yīng)設(shè)計(jì)相應(yīng)的對(duì)照，而且對(duì)結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗(yàn)。對(duì)于剛剛開始使用ChIP技術(shù)的研究人員來(lái)說，使用成熟的商品化試劑盒和相關(guān)的技術(shù)服務(wù)會(huì)達(dá)到事半功倍的效果。
Clip實(shí)驗(yàn)（RNA-蛋白相互作用）
核小體組蛋白可以發(fā)生多種翻譯后的共價(jià)修飾，如乙?；⒓谆?、磷酸化、泛素化等，這些共價(jià)修飾與真核基因的表達(dá)密切相關(guān)。根據(jù)“組蛋白密碼"假說，組蛋白的各種共價(jià)修飾的組合會(huì)以協(xié)同或拮抗的方式誘導(dǎo)特異的下游生物學(xué)功能，因此，ChIP也為研究組蛋白修飾在基因表達(dá)中的作用，全面闡明真核基因的表達(dá)調(diào)控機(jī)制提供了強(qiáng)有力的研究工具。
該技術(shù)主要應(yīng)用于：
1.組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標(biāo)記"
2.轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析
3.藥物開發(fā)研究
4.有絲分裂研究
5.DNA損失與凋亡分析
RIP技術(shù)（RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀）
RIP這種新興的技術(shù)運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，然后經(jīng)過分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對(duì)象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，RIP實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化條件與ChIP實(shí)驗(yàn)不太相同（如復(fù)合物不需要固定，RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對(duì)不能含有RNA酶，抗體需經(jīng)RIP實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證等等）。RIP技術(shù)下游結(jié)合microarray技術(shù)被稱為RIP-Chip，幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。
RIP 實(shí)驗(yàn)基本原理： 1. 用抗體或表位標(biāo)記物捕獲細(xì)胞核內(nèi)或細(xì)胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白。 2. 防止非特異性的RNA的結(jié)合。 3. 免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA一起分離出來(lái)。 4.結(jié)合的RNA序列通過microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或高通量測(cè)序（RIP-Seq）方法來(lái)鑒定。 延伸閱讀：95%的人類基因組并不編碼基因，而是產(chǎn)生大量的非編碼RNA,真正編碼蛋白質(zhì)的基因只占人類總基因組的約2%。這些非編碼RNA在生命的生長(zhǎng)發(fā)育的各個(gè)階段都發(fā)揮著重要的調(diào)節(jié)作用，與艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多種病變密切相關(guān)，并且參與著干細(xì)胞和表觀遺傳學(xué)調(diào)控。
MeRIP-PCR（m6A RNA甲基化）
MeRIP-Seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing)結(jié)合RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量測(cè)序技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)全轉(zhuǎn)錄組水平上RNA甲基化分析。由于甲基化修飾約占所有RNA修飾的60% 以上，而N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine，m6A），作為最常見的一種轉(zhuǎn)錄后修飾，介導(dǎo)了超過80%的RNA甲基化。基于MeRIP-Seq分析RNA甲基化模式，加速了癌癥發(fā)生和轉(zhuǎn)移、胚胎發(fā)育、脂類代謝、環(huán)狀RNA翻譯和DNA損傷修復(fù)等生物學(xué)功能和作用機(jī)制的研究。
服務(wù)類型如下：
免疫共沉淀(Co-IP 蛋白與蛋白)
CHIP實(shí)驗(yàn)（DNA-蛋白相互作用）
RIP技術(shù)（RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀）
Clip實(shí)驗(yàn)（RNA-蛋白相互作用）
MeRIP-PCR（m6A RNA甲基化）
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