目前，國外已經(jīng)有十多家從事DNA 芯片研究的公司，他們的芯片技術(shù)雖然各具特色，應(yīng)用目的也不盡相同。但要成為實(shí)驗(yàn)室研究或可以普遍采用的技術(shù)仍有一些關(guān)鍵問題亟待解決
（1）提高基因芯片的特異性；
（2）簡(jiǎn)化樣品制備和標(biāo)記操作；
（3）增加信號(hào)檢測(cè)的靈敏度；
（4）高度集成化樣品制備、基因擴(kuò)增、核酸標(biāo)記及檢測(cè)儀器的研制和開發(fā)。
上述問題不僅是當(dāng)前和今后一段時(shí)期內(nèi)國內(nèi)外基因芯片技術(shù)研究的焦點(diǎn)，同時(shí)也是基因芯片能否從實(shí)驗(yàn)室研究推向應(yīng)用的關(guān)鍵問題?？傊?，基因芯片技術(shù)發(fā)展到今天不過短短幾年時(shí)間，雖然還存在這樣或那樣的問題，但其在基因表達(dá)譜分析、基因診斷、藥物篩選及序列分析等諸多領(lǐng)域已呈現(xiàn)出廣闊的應(yīng)用前景，隨著研究的不斷深入和技術(shù)的更加完善基因芯片一定會(huì)在生命科學(xué)研究領(lǐng)域發(fā)揮出其非凡的作用。 從某種意義上我們可以這樣認(rèn)為：基因的結(jié)構(gòu)或種類決定物種；基因的功能或表達(dá)則決定生命，即生物的生、老、病、死。基因芯片技術(shù)將為我們提供一條認(rèn)識(shí)生命本質(zhì)的捷徑。
只要事先除去高度及中等重復(fù)序列，任何DNA 都可以被用于Microarray。zui簡(jiǎn)單的例子是用機(jī)械手把極微量（nanoliters）的DNA 點(diǎn)到玻片或其它載體上，照射UV light 使之*固定，用不同細(xì)胞周期發(fā)育階段的cDNA 作探針系統(tǒng)性地研究細(xì)胞中任意時(shí)期特異表達(dá)的基因；若把某一生物體內(nèi)全部全部已知基因分別點(diǎn)到DNA 微列陣或者基因芯片上，再用不同發(fā)育階段的cDNA 與之雜交，就能了解某些基因?qū)μ囟ㄉL(zhǎng)發(fā)育階段的重要性；基因芯片還可用于進(jìn)行基因診斷，可建立正常人特定組織、器官的基因芯片，給出標(biāo)準(zhǔn)雜交信號(hào)圖。用可疑病人的cDNA 做探針與之雜交，檢查哪些基因的表達(dá)受抑制或激活。
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